Program Studi Akuakultur merupakan bagian dari Departemen Ilmu Kesehatan dan Ilmu Alam. Koordinator Program Studi (KPS) Akuakultur bekerja bersama Gugus Penjamin Mutu (GPM) yang bertugas menyusun standar, mutu, instrumen monitoring dan evaluasi manajemen di SIKIA. GPM berkoordinasi langsung kepada Satuan Penjamin Mutu (SPM).

Saat ini yang menjabat sebagai Koordinator Prodi Akuakultur adalah Darmawan Setia Budi, S.Pi., M.Si  dibantu Hapsari Kenconojati, S.Si., M.Si. sebagai Sekretaris Prodi dan Mohammad Faizal Ulkhaq, S.Pi., M.Si. sebagai Gugus Penjamin Mutu