KABAR FIKKIA – Teknologi diagnostik molekuler dapat membantu mendeteksi patogen pada udang secara lebih spesifik. Pemanfaatannya menjadi salah satu bagian dalam pemantauan kesehatan udang dan pengelolaan risiko penyakit di tambak. Hal tersebut dibahas dalam Workshop Laboratorium yang berlangsung Sabtu (12/09/2026) di Kampus Giri Fakultas Ilmu Kesehatan, Kedokteran, dan Ilmu Alam (FIKKIA) Universitas Airlangga Banyuwangi. Materi disampaikan pakar kesehatan udang dari Nusantics sekaligus akademisi IPMI International Business School, Dr. Sidrotun Naim.
Dalam pemaparannya, Dr. Naim menjelaskan bahwa sejumlah penyakit udang dapat menunjukkan gejala klinis yang serupa. Penyakit tersebut antara lain Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND), Enterocytozoon hepatopenaei (EHP), White Spot Syndrome Virus (WSSV), Infectious Myonecrosis Virus (IMNV), dan Covert Mortality Nodavirus (CMNV).
Gejala seperti usus kosong, perubahan warna hepatopankreas, dan pertumbuhan yang tidak optimal dapat menjadi indikasi gangguan kesehatan. Namun, pengamatan visual tidak selalu dapat memastikan jenis patogen penyebabnya.
Karena itu, pemeriksaan laboratorium dapat digunakan untuk mendukung identifikasi patogen dan pengambilan keputusan dalam manajemen kesehatan udang.
PCR Konvensional dan qPCR
Dr. Naim menjelaskan perbedaan antara Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional dan Real-Time PCR (qPCR). Kedua metode tersebut memiliki fungsi dan karakteristik yang berbeda dalam pemeriksaan materi genetik.
PCR konvensional umumnya menghasilkan informasi kualitatif berupa hasil positif atau negatif. Pemeriksaan tersebut biasanya dilanjutkan dengan elektroforesis gel untuk melihat hasil amplifikasi DNA.
Sementara itu, qPCR memungkinkan pemantauan proses amplifikasi secara real-time. Metode tersebut juga dapat digunakan untuk menghasilkan informasi kuantitatif berdasarkan sinyal amplifikasi materi genetik target.
“PCR Konvensional hanya menghasilkan data kualitatif berupa pernyataan positif atau negatif serta membutuhkan tahap tambahan berupa elektroforesis gel. Sebaliknya, qPCR dapat digunakan untuk mengukur jumlah target materi genetik melalui pemantauan proses amplifikasi secara real-time,” jelas Dr. Naim.
Data kuantitatif dari qPCR dapat membantu laboratorium memperkirakan jumlah target patogen dalam sampel. Hasil tersebut dapat menjadi salah satu bahan pertimbangan dalam pemantauan kesehatan udang bersama data klinis dan parameter lingkungan.
Mengenal Mikrobioma melalui NGS
Selain qPCR, Dr. Naim memperkenalkan Next-Generation Sequencing (NGS) sebagai teknologi untuk mempelajari komunitas mikroorganisme. Teknologi tersebut dapat digunakan untuk memetakan keragaman mikrobioma pada lingkungan maupun saluran pencernaan udang.
Pemahaman terhadap komunitas mikroorganisme dapat membantu peneliti dan praktisi melihat hubungan antara kondisi mikrobioma dengan kesehatan udang. Data tersebut juga dapat mendukung pengembangan strategi pengelolaan kesehatan berbasis ekosistem.
Baca juga: FIKKIA dan SCI Bahas Manajemen Kesehatan Udang Vaname
Dalam sesi tersebut, Dr. Naim turut membahas penggunaan antibiotik dalam budidaya udang. Penggunaan antibiotik yang tidak tepat dapat meningkatkan risiko Antimicrobial Resistance (AMR) atau resistensi antimikroba.
AMR terjadi ketika mikroorganisme mengalami perubahan sehingga obat antimikroba tidak lagi efektif terhadapnya. Kondisi tersebut menjadi perhatian dalam kesehatan hewan, lingkungan, dan kesehatan manusia.
Karena itu, penggunaan antimikroba perlu dilakukan secara tepat dan berdasarkan pertimbangan yang sesuai. Pengelolaan kesehatan melalui pencegahan penyakit menjadi salah satu pendekatan yang perlu diperkuat.
Diagnostik Molekuler Mendukung Biosekuriti
Dr. Naim mendorong pemanfaatan hasil pemeriksaan laboratorium sebagai bagian dari sistem biosekuriti tambak. Deteksi patogen dapat membantu petambak memperoleh informasi mengenai kondisi kesehatan udang sebelum menentukan tindakan pengelolaan.
Selain diagnostik, pengelolaan kualitas air dan mikrobioma juga menjadi bagian dari strategi pencegahan penyakit. Penggunaan probiotik dapat menjadi salah satu pendekatan pengelolaan mikroorganisme dalam sistem budidaya, dengan mempertimbangkan jenis produk, dosis, dan kondisi tambak.
“Melalui kombinasi deteksi dini berbasis qPCR dan pengelolaan ekosistem mikrobia yang seimbang, kerugian produksi akibat wabah penyakit dapat ditekan,” terang Dr. Naim.
Workshop tersebut memberikan gambaran kepada peserta mengenai perkembangan metode diagnostik kesehatan udang. Materi juga menghubungkan pemeriksaan laboratorium dengan penerapan biosekuriti dan pengelolaan kesehatan pada budidaya udang.
Penulis: Farra Azzahrani
Editor: Avicena C. Nisa